1、应用分子育种技术开展对三系、两系杂交水稻、超级稻和常规稻的优质、高产、抗病虫品种的研究。

　 2、高糖高产稳产、耐旱、病虫害少、抗逆性强、适应性广的甘蔗新品种和甘蔗固氮特性的研究。

　 3、对野生稻、栽培稻、甘蔗、花生、大豆和玉米等作物资源进行结构和功能基因组研究，对发现的优良基因进行分离与克隆。

　 4、蔬菜瓜果抗病虫害和优质新品种等方面的研究。

　 5、抗虫基因、抗病基因、优质基因和其他优良基因进行分子标记并开展克隆、遗传转化和表达调控方面的研究。

　 6、建立水稻、甘蔗、大豆、玉米、花生和名特优水果、蔬菜等作物的核心种质。